虽然忍者的各个流派和家族都做过很大的努力，但是无奈政府还是将注意力转到了现代化前沿武器上来，对他们的关注与日俱减。所以慢慢忍者们就变成了政府的特殊工具。

刺杀、密探、内奸、情报、跟踪等等之类的任务成了忍者们最多的任务。

现在的的忍者，大多数都属于一些高官豢养的手下或者政府谍报机构用来实现某种正当方式难以达到的目的的工具。