太元二年朱序担任南中郎将、梁州刺史等职，镇守襄阳。

太元三年前秦攻打襄阳，朱序率军固守。

太元四年前秦攻克襄阳，朱序诈降，苻坚以为度支尚书。

太元八年淝水之战中，朱序暗助晋军，大败前秦，投归东晋，历任龙骧将军、琅邪内史、豫州刺史等，屯兵洛阳。

太元十一年，朱序派兵讨伐叛晋的丁零首领翟辽，历任兖青二州刺史、都督司雍梁秦四州军事、雍州刺史等。