朝廷六部包括礼部、工部、刑部、兵部、吏部、户部。这六大部门的最高长官都是三品大员，唯独科学部的最高长官，所谓的大院长，只是四品官。这使得科学部乍看起来似乎比其他六部低一级。

其实，这是李世民做出的让步。也是科学部想要独立于六部之外所不得不付出的代价。

三省六部是古制，从前隋的时候，制度就是这么定下来的。冷不丁多一个跟六部并驾齐驱的第七部，这在权力结构上就是一个巨大的变化。虽然名义上科学部不具有任何权力，但将来的事情谁说的准呢？朝堂上的老狐狸不会有人将这样的承诺放在心上。