安史之乱后，神策军奉调中原，作为拱卫两京、支援前方的二线部队，顿住陕州。唐肃宗派宦官鱼朝恩为观军容使，以监其军。神策军的兵权遂为鱼朝恩所掌握。

广德元年，吐蕃攻入长安，唐代宗仓皇逃奔陕州，鱼朝恩率所部神策军前往迎驾，迎击吐蕃军。在吐蕃军退走后，神策军又护卫唐代宗返回长安，驻扎禁中。至此，神策军才正式成为中央禁军。其后，由于多次保驾有功，神策军受到朝廷高度重视，经过多次整顿补充，实力大大增强，遂分为左右两厢，兵力之强为北衙禁军之冠，成为禁军主力，扈从天子的亲军。最高峰时，神策军的兵力曾达到了十五万人。