施琅归降之后，李存明不作任何停留，当即下令启程南下，去往广东。

巩永固领兵护卫皇帝銮驾，从陆路进发。施琅和黄得功则一同率领水师由海路前进，黄得功分出一半的战船，镇守金门岛。

朱天贵在招降施琅一事上立了大功，晋升为福建总兵官，他接替巩永固经营厦门，并直接指挥金门岛的船队。

临走之际，李存明叮嘱道：“黑牡丹还在澎湖列岛，暂且无法将她接回来。朱爱卿，请你务必多用心留意，倘若有机会，一定要把黑牡丹安全送到朕的身边。”