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孔府共有厅、堂、楼、房463间，九进庭院，三路布局，孔府的主体部分在中路，前为官衙，有三堂六厅，后为内宅。

孔府仿照封建王朝的六部而设六厅，李存明摆驾知印厅，正式审理孔胤植投降满清朝廷一案。

一刻钟之后，锦衣卫押着孔氏族人来了。三百多人以孔胤植父子为首跪在地上，厅堂内挤不下，大多数人跪在院内。