既然北镇抚司对外，那么南镇抚司很自然的就是对内，南镇抚司不仅分管整个锦衣卫的军纪法纪，还负责对重要人物的保卫工作，有点像现在的宪兵，所以南镇抚司虽然只有两千五百多人，可是人人都是高手，毕竟一旦锦衣卫内部的人违反法纪，那是要靠南镇抚司缉拿归案的，如果身手不好，怎么打得过自己人。

南镇抚司经常会挑选一些高手进入内务府，然后由内务府分派到宫内，或者是哪个王爷，妃子，皇亲国戚等等的府上进行护卫任务。比如说随着魏忠贤的权利扩大，对手越来越多，魏忠贤也感觉到仅凭东厂和锦衣卫原来配给他的百余名护卫已经不能满足他的出行需要，所以他特地找来田尔耕，跟他说了要增加卫士，正好南镇抚司新选入了一批地方上进来的高手，田尔耕就责成南镇抚司给魏忠贤挑选一批卫士补充到司礼监。