袁崇焕冤死，孙承宗督师辽东之后，整个辽东的权力结构有了很大的改变。朝廷为了避免像以前袁崇焕一家独大的情况，将辽东军镇的权力拆分成了三块，名义上，孙承宗是辽东督师，军政方面的最高领导。而实际上，辽东军镇被分成了两块，军政分开，辽东巡抚邱禾嘉主政，而监军张春主军，最后由孙承宗总览全局。这样孙承宗不能作为直接的指挥者参与前线的事务，而是坐镇宁远，为日后的军事协调不及埋下了巨大的隐患。但是在明廷看来，这是最稳妥的办法，关宁军效忠的必须是朝廷是圣上，而不是袁崇焕这样的督师。