为了能彻底的解决部族问题，巴图蒙克采用了屠杀灭族，强迫迁徙，派驻心腹，带走部族女子和孩童等种种令人发指的手段。最终，巴图蒙克达到了目的。

三年时间，被彻底灭族的小部落多达数十个。一些实力强大的部族，人口众多。虽然表示臣服，但是巴图蒙克可不相信他们。在他的命令下，漠北数十万部落族民被迫迁徙到漠南之地安顿。让大部族拆解分化，让迁徙的部族集中于自己的绝对控制之下。