孙耀琦年幼时，家道尚且殷实。

不过当时江南流行结党，复社学子到处抓人入社，宣讲经义。

孙耀琦无心结党，又因此遭受复社报复，无法专心研究，便与父母商议后决定迁居长安虎丘山畔。

据说这个孙耀琦自幼聪颖异常，十三岁时岁即考入吴江县乡学，人称神童......

锦衣卫还查到，他不仅研究古史经验，从西方传入的数学知识，探讨测量、算指、几何之法更是他主要学习的方向。