盘古神殿本是盘古的心脏所化，其中的盘古精血诞生出了十二祖巫与后卿，十二祖巫相继死去之后，盘古神殿落在了后卿的手中。

为了获得更强大的实力，后卿将盘古神殿之中的精血全部吸收，使得盘古神殿化为了一座寻常的宫殿，但依旧是巫族的圣地。

可惜后来蚩尤战败给轩辕，盘古神殿也在战斗中被波及，失去盘古精血，神殿便如一座普通石头堆成的石殿，其中大部分被红云收下，只有一些小碎片被不愿融入人族的巫族人带到了十万大山。