崇祯元年七月二十五日，辽镇爆发以欠饷名义的兵乱，乱兵“露刄排幕府缚自肃及总兵官朱梅、推官苏涵淳、州同知张世荣，置谯楼上捶击交下”，时任辽东巡抚的毕自肃不堪受辱，遂于当年八月“丙申自经死”。

对此，毕自肃的哥哥，时任户部尚书毕自严向崇祯帝哭诉道：“叩阍请饷之疏自五月来，不啻舌敝唇焦泪尽成血，虽屡廑明旨催发，而他人视之蔑如也，当六月间外解不继，固难投醪而挟纩。逮七月初，外解渐充，又将那东以补西，岂非臣弟之厄数当毕，命于此日乎？各边旧饷亦有迟至十余月者，然其兵则土著也，其所靠不专在户部，年例仍有民粮屯粮在也，即所欠亦系历年压支相延日久，非真数月无饷也······说者曰：借口索饷，或有别情······”