正如朱由崧所料的，当知道《商报》和其他转载小报把倪元璐对自己的吹捧公诸于世，并针对性的解释了自己与倪元璐的关系后，士林中开始有人质疑黄道周的人设了，在这种情况下，黄道周便只能选择称病辞职以证清白。

只是黄道周并不愿意就这么灰溜溜的离开政治舞台，所以，他临走时还耍了个把戏，向崇祯皇帝上疏上说什么：小人被任用，掌握权柄，实则怀揣着违犯圣上命令的逆心，所以导致士人和普通百姓跟皇上都不是一条心，兵匪劫掠侵夺的祸乱发生，天下动荡不安，礼乐升平的景象一去不复返。