比预想的时间略微晚了一点后，最后一批运载济州城百姓的淮乙船在崇祯八年三月初二下午申末时分离开了济州港，驶向了小琉球。

根据运输计划，不管原先地位高低、财富多寡，全部7300多济州城内百姓中的3300人将被运往虾夷地和苦兀岛南部安置点，另外4000名济州百姓将被运往小琉球安置；此后，前往虾夷地和苦兀岛的淮甲船队会径直返回云梯关，以便运输河南百姓来济州岛安置和过渡；而前往小琉球的船队中，有一半会运载小琉球王庄提供的粮食，返回云梯关和济州岛，然后再分别运输河南百姓和济州岛的朝鲜百姓南下小琉球，另一半则会前往福建采购，并稍后南下安南和占城，采购粮米、柚木，再运回济州岛，实施第二轮次的运输。