马六甲城是建设在马六甲河两岸的，因此两个半城都有一座核心城堡，即东岸的圣地亚哥城堡和西岸的圣约翰城堡，此外，马六甲城区外围是有木质围墙和东西两座城门的，但说实在的，城门也好、木质围墙也罢，守备力是很薄弱的，因此一旦明军发起陆上进攻，马六甲城区内居住的荷兰或其他欧洲居民就会分别退到圣地亚哥城堡和圣约翰城堡内躲避，从而让进攻者不战而占据大部分城区。