四月二日，明军卸下随船运来的攻城火炮，对和歌山城进行了猛烈轰击，只有从被明军水师摧毁的沿海炮台中搬来少少几门完好火炮的纪州藩军根本无力压制重型攻城炮对和歌山城的轰击，最终不得不仓皇放弃和歌山城，奉着纪州藩藩主德川赖宣冲出了明军尚未完成的包围圈，向大和方向逃去。

明军并未追击德川赖宣，而是夷平了和歌山城，并在和歌山港区附近用和歌山城的建材、周边山林中砍伐的竹木及随船携带的水泥，开始修建防御阵地，以为接下来大规模进攻日本内地的后方兵站及前进基地。