舰队的毁灭让马尼拉城内的西班牙人陷入极大的恐惧和混乱中，以至于纷纷携带着贵重财物往号称王城的圣地亚哥城堡逃去，只留下无数本地土著在马尼拉城内实施疯狂打劫。

见到马尼拉港区及城区起火，明军运输船立刻在己方战舰的掩护下驶入马尼拉港，并迅速安排船上官兵上岸镇压骚乱。

随着东洋水师陆战旅开入马尼拉城内对洗劫城市的菲律宾土著展开镇压行动，市面很快得到了稳定，随即，更多的明军陆师开上了陆地，这些明军包括京营建武师、乂安道步兵团、福建道步兵团、浙南道步兵团、江西道步兵团、小琉球皇庄保民团3个哨、济州皇庄保民团2个哨等部12000余兵马，这些兵马随后迅速将圣地亚哥城堡围了个水泄不通。