御林军是负责皇宫安全的，确切的说是负责皇上安全的，而锦衣卫则是负责执行皇帝命令的，比如抓个人杀个人什么的。

可以说如果有人造反或者有外地入侵的话，最后的一道屏障就是御林军和锦衣卫了，所以，这两个队伍里的必须都是皇上的心腹。

之前的锦衣卫和御林军的水平一般，很多都是一些勋贵子弟进来镀金的，但是南逸臣可不想要饭桶，所以，全部重组了。