黑龙殿有三套机构在运作，五级殿机构，这是黑龙殿量基本的组成机构，组成了黑龙殿遍及全国的庞大组织，这也是黑龙殿对面的机构。

而在这之上，有着暗殿，主要负责一些不方便明面上的事务，并负有监察黑龙殿的动作的职责，暗殿也是五级，处于五级殿之中，属于五级殿人员，却有着另一套独立的运行体系。

而更神秘的就是秘使。

秘使不属于黑龙殿任何一殿，也不属于暗殿，他们只隶属于一个人，那就是创立黑龙殿的黑龙尊者。