负责敲响上朝钟鼓，以及宫内乐舞、演戏、杂耍等事的钟鼓司，并入负责杂务的都知监。

一起并入都知监的，还有混堂司。

这样一来，原本太监系统的二十四衙门，只剩十二监。

林飞坚持进行机构改革，一方面是因为机构过度庞杂，职能交叉重叠，导致工作效率低下，有精简的必要。

另一方面，把一些部门并入另外一些部门，涉及到领导人员，进行大规模调整。