刚刚回到了京城，康熙爷就不顾众人的反对，下了圣旨，在康熙五十九年（0）正月初五日，康熙帝决定安藏大兵再次入藏。

三十日，他命抚远大将军允率军从西宁移驻穆鲁乌苏，管理进藏军务粮饷，居中调度；授延信为平逆将军，出青海向喀喇乌苏进兵，为中路之师；授噶尔弼为定西将军，会合云南都统武格所率部队，从巴塘进发，为南路之师；又派将军富宁安、傅尔丹，分别从巴里坤、阿尔泰出师，为北路配合出击之师。鉴于第一次用兵失败的教训，清政府对第二次用兵西藏进行了周密的部署。