同时设立督饷馆，负责管理私人海外贸易并征税。

督饷馆对私人海外贸易管理的内容主要有：出海贸易的船只不得携带违禁物品；船主要向督饷馆领取船引并交纳引税。

此外，对扶桑的贸易仍在禁止之内，所有出海船只均不得前往扶桑。若私自前往，则处以“通倭”之罪。

另外，在户部之下设立海务局，沈万三为海务局监督，秩五品。

而沈万三愿意将所有船只，及其海上商道全部交予朝廷。