卡扎菲在战后，拒绝承认哈夫塔尔和其他利比亚士兵被乍得方面监禁，卡扎菲与哈夫塔尔关系由此恶化。

2011年初，利比亚内战爆发，哈夫塔尔从国外返回利比亚参与内战，并成为利比亚国家过渡委员会高级将领。

卡扎菲政权倒台后，哈夫塔尔被推举出任新政权武装的总参谋长。

随后，国民代表大会批准哈夫塔尔与多支世俗民兵武装一同正式加入利比亚“国民军”，哈夫塔尔任“国民军”司令，与国民代表大会结盟，同利比亚民族团结政府长期割据对峙。