明朝堂为平息倭乱也付出了惨重代价，10年间明政.府频繁换将，仅参将以下武职而战死的就达107人，军民之死，军需之费，不可胜纪，天下骚动，东南髓膏竭矣......

倭乱更引起了民众群体性心理恐慌，地方行政长官更是畏倭如虎，倭乱时期倭寇的强悍战力和武器精良也使得明军在其攻击面前不堪一击，屡战屡败，不仅助长了倭寇战胜明军的信心，而且进一步强化了倭乱时期明朝民众的恐慌心理。