隆安三年（399年），距离淝水之战16年后。孙恩和卢循在浙江会稽起兵反晋，东南的八个郡纷纷响应，震惊朝野。

谢安死后十余年间，即东晋孝武帝与会稽王司马道子主相相持以及太原王氏两支分助主相的这一时期中，谢氏家族人物包括谢琰，均无所作为，这是谢氏家族在政治上受到压抑的结果。

隆安元年（397年）王恭反于京口，朝廷始假琰节都督前锋军事，领兵征讨。这显然是由于陈郡谢氏门户可以当太原王氏门户，而谢琰与北府又有历史渊源，司马道子欲加利用的缘故。王恭事平，谢琰于隆安三年迁卫将军、徐州刺史，假节。案晋制，假节虽有在军事时期可杀犯军令者之权，但谢琰为刺史假节而不得为都督，毕竟只是单车刺史，与都督徐兖诸州军事的刘牢之相比，势力大不相同。朝廷此授，不过是在王恭事平之后欲以谢琰平衡刘牢之而已。