当时正在膨胀中的崇祯颇有些不喜，可他终究还是看中孙传庭的才干。孙传庭也不负所望，出任陕西巡抚，组建秦军。然后，一举干掉了当时的闯王高迎祥。

崇祯九年，高迎祥、李自成攻庐州，取含山、和州，杀知州黎宏业、在籍御史马如蛟等。继围滁州，与卢象升、祖宽、罗岱、杨世恩等部，激战朱龙桥。高迎祥等北攻寿州不克，西入归德。二月，攻密县、破登州，击杀明将汤九州，进军邓州、郧阳。三月，迎祥与自成分兵，由郧襄入兴安、汉中与献忠会师。五月，迎祥复入湖广。是年七月，迎祥出南山，挥师直驱西安，军至周至黑水峪。