大玄军制，沿袭先朝旧例，略作增减，于天下要害之地广设卫所，屯兵戍守。

一卫额定五千六百人，设指挥使，下辖五所千户所。一户所定员一千一百二十人，设千户，统十百户所。一百户所一百一十二人，再分两总旗。一总旗五十六人，领五小旗。一小旗辖军卒十一名。

然而这一切，不过纸面之制，名为祖宗成法，实则早已名存实亡。

承平日久，勋贵、军官侵占屯田，役使军户如同仆役，军饷层层克扣，士卒逃亡、员额空缺已成常态。军册所载人数，远胜营中实兵，空额粮饷多被军官中饱私囊；在役之兵，又常被将领私役为工匠、佃农、脚夫，乃至商贩杂役，以致训练废弛，武备不修。