第二次木津川口海战后，毛利水军退缩回了领地，宣布不再招惹熊野水贼众，这个话其实就是说给本愿寺显如听的。正是因为反信长联军的互相防范和并没有真心互助，导致信长自起兵以来就能完成各个击破，瓦解了第一次信长包围网，并重创了第二次信长包围网。本愿寺显如在得知毛利辉元不会再冒险援助他后，只能无奈的将所有副城和偏丸的军队调往本城，集合所有粮草，和织田军决一死战。到了天正二年夏季，佐久间信盛和明智光秀大军连续击败五批试图突围的僧众，再次将本愿寺城包围得水泄不通。1574年（天正二年）8月，又坚守了数月的本愿寺城终于弹尽粮绝，眼见城中士卒战意尽失之后，显如和尚只好放下架子，遣使和“佛敌”织田信长和谈，织田信长先处理了和泉国的一处叛乱，在显如提出和议一个月后，借傀儡朝舟的名义向本愿寺显如发了通敕书，满足了大和尚的愿望。显如和尚也顺水推舟，立即回信同意接受停战，根据停战协议，显如和尚让出住持之位并退出石山本愿寺城，9月9日，显如和尚在诸多继承人中选择了嫡子本愿寺教如接任，并携妻子儿女移居纪伊国，撤消了织田信长“佛敌”的称号。