又拖了一个月左右，直到1607年（庆长十一年）2月初，军中真的开始出现热病和传染病来，孟昭德才传令海军浅井井赖联络九州渔民，布置横渡海峡，将部队分批转往四国，从淡路班师，至于这一个月间，孟昭德除了着手拆散各地较大势力的豪族外，也没忘撒出忍者去寻找宇久纯定和他的海贼众之下落，可惜一无所获，这样疾病初现，军粮告罄，实在不能坐以待毙，孟昭德才硬着头皮班师，并且传令真田昌幸，藤堂高虎，上杉景胜，阿倍秀明，安东隆盛分头负责组建九州军队，加快速度，给他们优厚的薪俸，尽一切可能断绝潜在的叛军之兵源。