所以藤堂高虎耐心的和文惠王解释道，“王上，唯今之计可以如此，军师既然在国遇大事的时候可以临机决断，统领文武两厢，则绝不能是一个人，必须保证平衡，当选择三五人为好，这三五人的选拔标准，需要曾经至少署理过两省，能够明白至少两省运作的机制，若是单单提拔兵部省正官和治部省正官担当军师，那不过是两省换了个地方吵架而已，另外，虽然国遇大事的时候才可召集军师，控制在少人数范围内提供决策，但平时也不能解散，不然临机有变，先用十余日甚至个把月决定谁担任军师的职务，那一切要紧事都耽误了。所以老臣以为，必须当成一个部门设立，但不必立于八省之内，可以在王城左右选择一处，类似内舟学一样，有直接递交文书给王驾的权力，对朝臣的上奏，先行代为批示，对王上的诏令，给出对应的意见，互通有无，两方意见统一后，立刻发下执行，不给八省推诿的时间！”