申佰祥的妻子乃是与他同甘共苦的糟糠之妻，在潞合时便为他养育一女，同他一起去往远京后，又为他育得一子一女，只可惜他的长子出生还未有多久，便因病去世。

所幸申佰祥的仕途当时还算顺利，他的两个女儿也平安长大，原本他在潞合城中购置了一处宅邸，给父母居住，但父亲病亡后，他就将老母也接到了远京享福，三世同堂；而他的长女年十七时，嫁给了户部侍郎之子，嫁入了世家盛家。