莫尔寺遗址在我国第二次和第三次全国文物普查中受到文物部门的关注，文物保护工作者组织调查队伍对遗址内的圆形和方形佛塔以及地面僧房遗存做了测绘，并为莫尔寺遗址做了画像，留存了相关数据信息。

2001年6月，莫尔寺遗址被列为全国重点文物保护单位。

考古是技术活儿，也是体力活儿，翻山越水、攀壁爬坡、风餐露宿是常有的事。莫尔寺遗址考古队里有一大半都是女生，此前大都没有在艰苦的环境中长时间停驻过，莫尔寺遗址就在一个大陡坡上，起初姑娘们都要手脚并用才能爬上去，一个发掘期结束后就身手敏捷了。