李纯决定，首先对三省的机构进行改制，把顶层架构搭好，以后再逐步往下改革。

强化中书省决策机构的职能，把中书省作为朝廷核心的议事和办事机构，设两个宰相，分任中书左丞、右丞，定为正二品官，配有三个光禄大夫，定为正三品官，五人以左丞为首，实行集体负责制。

朝廷的重要事务，由中书省商议后，向皇帝提出意见，并由皇帝决策。中书省的两个宰相由三品提升为二品，又增加了三个正三品的参政官员，地位大为提高，成为朝廷施政的中枢。