经过与户部尚书程国祥等人的商议，朱慈烺决定将通州作为土地清查的第一站。通州地处京畿要地，既是护国军的重要基地，也是京畿地区土地兼并较为严重的区域之一。更重要的是，此次清军入关劫掠，通州因有护国军驻守，并未遭到战火波及，地方档案保存相对完整，便于清查工作的开展。

此次土地清查的依据，是户部存档的“皇册”。从洪武初年到永乐初年的土地登记记录。朱慈烺之所以选择这份跨度数十年的皇册，便是想弄清楚，从明太祖朱元璋时期到明成祖朱棣上位后，京畿地区的土地兼并究竟呈现出怎样的增长趋势，那些勋贵、士绅是如何一步步蚕食民田与卫所土地的。