五军都督府和兵部的存在，并不矛盾。朱元璋对这两个机构的职能，进行了极其细致和明确的划分。兵部拥有任免军队将领、军官升调、训练军队的权力，但不能直接统帅军队打仗。而五军都督府虽然拥有统兵作战、管理军队屯田、掌管军籍、推选将领的职能，但却没有调遣军队的权力。

调兵之权，牢牢地掌握在皇帝一人手中。每逢战事，皇帝亲自任命统兵将领，颁发调兵印信。兵部根据皇帝的旨意，发出调兵命令。五军都督府的将领，率领军队出征。战事结束之后，将领交还印信，士兵各自返回卫所。