经济的繁荣催生了思想的活跃，嘉靖、万历以来，王阳明心学打破了程朱理学的思想禁锢，实学思潮渐渐兴起，徐光启、宋应星、方以智等一批读书人，不再满足于空谈性理，转而关注天文、数学、水利、军事等经世致用的学问。与此同时，西方传教士利玛窦、汤若望等人相继来华，带来了欧洲的天文、数学、机械与光学知识，西学东渐之风在江南士绅中悄然兴起。