云南回民的祖先可追溯至元明时期。

元代蒙古西征时，大批中亚、波斯的穆斯林被签发至云南屯戍，形成早期聚居点。明代继续有回族军士、商人迁入，逐渐形成“大分散、小聚居”的分布格局，主要集中在滇西、滇中和滇南等地。

到了1846年，云南社会已处于紧绷状态。汉回民众在银矿、土地等资源上的摩擦日益频繁，地方官吏往往采取“护汉抑回”的策略。这未必是出于民族偏见，更多是借挑拨关系从中渔利。这种烂账，在清朝的体制下早已算不清楚。