织田军击败本愿寺军之后，顺势取下了？直政未曾攻取的三津寺，得到了大量的火器补充，乘此良机，织田军再次包围石山本愿寺城。由于石山本愿寺城位于木津川岸边，后有广阔无边的大海，所以信长除了命令佐久间信盛等驻防陆上要冲外，更派九鬼嘉隆先遣300艘战船封锁了木津川入海口，意图把本愿寺显如活活困死。这样再次形成了四面合围，一切布置妥当后，信长于10月5日返回了安土城。眼见石山本愿寺城粮草匮乏，人口众多，迟早要被攻陷，心急如焚的大法主终于低下了高傲的头，亲自写信去西国求救。接到救援请求的毛利辉元急忙和叔父吉川元春，小早川隆景商量对策，两位叔父都认为织田家的扩张迟早要威胁到毛利家，况且织田家竟然还明目张胆的庇护毛利家的死敌尼子家，光这个仇，双方就一定会兵戎相见。既然“将军”足利义昭都被废了，那正好可以用这个名义对付织田信长，如果有幸打倒了织田家，毛利家就可以拥戴足利义昭进京，恢复室町幕府，进而达成天下统一，实现毛利元就的遗愿！本着这个目的，毛利家最后终于决定出兵，于是京畿迎来了战国史上第一次大规模的水战，后人称其为“第一次木津川海战”！