按照当初一点点蚕食本愿寺的计划，信长现在终于等到了对本愿寺显如最后清算的机会，发起了京都本愿寺合战。9月5日，织田大军荒木村重，明智光秀，细川藤孝，？直政（原田直政）所部三面包围了石山本愿寺城。9月13日，？直政率部将三好康长等开始攻打石山城附近的支城三津寺，意欲夺取这里的本愿寺火枪营。不料遭到本愿寺显如以优势兵力伏击，织田军大败，？直政也死于乱军之中。织田四队本来呈四个角压住石山城和其支城，现在竟然被打掉了一角，防务立刻出现漏洞，本愿寺显如派遣大军趁胜突围，以优势兵力对织田军形成了反包围，不幸中招的正是京奉行，阪本城主明智光秀驻守的天王寺。