广西、贵州苗地频有流匪滋扰，旧时剿抚无方，朱由检命魏忠贤调集“山南忠义军”，由孙传庭旧部整顿三万人，采取“以商养兵、以兵护商”之策，自设“边商通引司”，许少数部商互市换粮，用利驭势，兼剿带抚。

半年后，南疆大定，商路通畅，苗地开市，大明西南边防稳若磐石。

与此同时，东南海贸改革亦已完成三轮制度调整。

广州、泉州、宁波三大口岸设海贸三监，由礼部、工部、东厂三线并管，太子朱慈烺设洋器译验司，每年评审夷货之实用度及输入限额。