战乱之中，孙家的家产损失殆尽，日子变得愈发艰难。为了躲避战火，也为了维持生计，年轻的孙云球带着母亲，在虎丘山畔住了下来，靠采集、炮制中草药，拿到集市上去卖，换点柴米油盐，艰难度日。他每天天不亮就起床，背着药篓上山采药，悬崖峭壁都敢去，回来之后又要洗药、晒药、炮制，常常忙到深夜。

即便生活如此困顿，孙云球也从未放弃过读书和钻研。他从小就对数学、机械有着浓厚的兴趣，越是乱世，越是觉得实学有用。当时，徐光启与利玛窦合译的《几何原本》前六卷已经在江南流传，孙云球弄到了一本，如获至宝，每天卖药回来，不管多累，都要在油灯下研读。他不仅把书中的几何定理、测量方法、算指之法全部吃透，还常常举一反三，自己动手做实验验证。